菏泽市中医医院
菏泽市中医医院始建于1975年，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体的全民所有制三级甲等综合性中医医院；是山东中医药大学、菏泽医专、曲阜中医药学校、莱阳中医药学校、菏泽卫校的教学医院。
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菏泽市第三人民医院
菏泽市第三人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防于一体，以治疗精神、神经疾病和创伤为主的大专科（脑科）小综合型现代化医院，是全市唯一的精神卫生防治中心、心脑血管病康复中心、戒酒戒毒中心，市、区城镇职工、城镇居民基本医疗保险、市工伤保险、生育保险和县、区新型农村合作医疗定点医院。
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菏泽市第二人民医院
菏泽市第二人民医院（菏泽市创伤医院）是一所大型综合性医院，是经政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，同时还是菏泽医专教学医院、菏泽市城镇职工基本医疗保险定点医院、菏泽市工伤保险协议单位,是经省政府批准的菏泽市法医鉴定唯一复核医院，菏泽市新型农村合作医疗定点医院、菏泽市城市医疗救助定点医院。多次获得“山东省卫生系统先进单位”、“菏泽市双文明单位”、“菏泽市行业作风建设先进单位”等荣誉称号。
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菏泽市传染病医院
医院始建于1953年，2003年7月菏泽市委、市政府为加强我市传染病救治工作，有效抗击烈性传染病，切实保障人民的身体健康，决定在原结核病医院的基础上组建成立菏泽市传染病医院。
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